Comme tout organisme vivant, la Communauté des chrétiens possède ses propres structures. Les prêtres envoyés dans une paroisse y sont responsables de la vie sacramentelle. Pour les questions sociales, économiques et juridiques, ils œuvrent avec les organes de leur paroisse. Les prêtres reçoivent par leur ordination l’autorité de célébrer tous les sacrements. Il n’y a qu’un seul degré de consécration qui est le même pour tous. Il n'existe aucune hiérarchie spirituelle entre les personnes ordonnées. Être prêtre est une activité à plein temps. Un prêtre n’est pas élu par une paroisse, il y est envoyé.
Les différentes communautés se regroupent géographiquement en « régions ». En Suisse, sur le plan juridique, c’est sous forme d’association ou de fondation. Des formes juridiques différentes existent dans d’autres pays.
Il existe néanmoins une hiérarchie pour coordonner le travail. Celle-ci se constitue elle-même après concertation de tous les prêtres. Les recteurs prennent en charge une responsabilité dépassant le cadre de la paroisse, notamment l’envoi des prêtres. Une fois installés, les prêtres sont autonomes et libres d’enseigner et d’organiser avec les membres la vie communautaire.